Surge como parte del proceso de cambio en la actividad petrolera que se inicia con la creación de la Unión Cuba-Petróleo (CUPET) en 1991 y constituye la unificación de dos centros de investigaciones de reconocida tradición investigativa con aportes y resultados en la actividad petrolera que pasan a realizar investigaciones, servicios y asesorías para toda la cadena industrial de este sector, de ahí su Objeto Social: el Centro de Investigaciones y Desarrollo del Petróleo (CIDP) y el Centro de Investigaciones Química (CIQ), ambos con aportes y resultados en la Industria Petrolera Nacional, logrando así el complemento de las actividades de perforación, extracción, refinación y aplicación de productos del petróleo. El CEINPET nace a partir de la desmembración del CIQ con la salida de las actividades relacionadas con la Unión Química (Pinturas, Fertilizantes, Plaguicidas) y la fusión con el CIDP.